Diketahui, pembangunan operasional Kopdes Merah Putih ini terlambat dari target yang telah ditentukan sebelumnya. Di mana, pemerintah merencanakan pengoperasian koperasi desa sudah dapat dioperasikan di akhir tahun 2025 ini. Target tersebut mundur hingga Januari 2026. 

PT Agrinas Pangan Nusantara ditunjuk sebagai pelaksana utama program, sementara TNI dilibatkan untuk membantu percepatan pembangunan infrastruktur koperasi, termasuk penyediaan gudang, gerai, dan kendaraan operasional.

Dilansir dari laman resmi Kopdes Merah Putih, terdapat delapan tantangan pembangunan program pemerintah tersebut:

• Masih rendahnya partisipasi masyarakat dan kesadaran kolektif akan pentingnya koperasi.
• Adanya persepsi atau image negatif publik terhadap koperasi karena kasus koperasi bermasalah dan pinjol ilegal berkedok koperasi
• Koperasi masih dianggap kurang adaptif terhadap kemajuan teknologi.
• Skala ekonomi dan potensi setiap desa berbeda.
• Kapasitas dan kompetensi SDM di setiap desa berbeda
• Kemungkinan adanya elite capture dalam pembentukan dan kepengurusan.
• Kemungkinan fraud dalam pengelolaan yang tidak profesional, transparan, dan akuntabel.
• Potensi keberlanjutan lembaga dan usaha koperasi ke depan.