Setelah itu, dia tercatat menghabiskan waktu karirnya cukup panjang di Detasemen Khusus 88 Antiteror atau Densus 88 Polri. Awalnya, dia menjadi kepala bidang Investigasi Densus 88 Polri hingga kemudian diangkat menjadi Wakil Kepala Densus 88 Polri pada 2014.
Satu tahun kemudian, Eddy Hartono diangkat menjadi Kepala Densus 88 Polri menggantikan Muhammad Syafii yang ditugaskan di BNPT. Akan tetapi, jabatan tersebut hanya bertahan hingga 2017 karena Kapolri Jenderal Tito Karnavian mengembalikan Muhammad Syafii kembali menjadi Kepala Densus 88 Polri. Keputusan ini membuat Eddy Hartono harus kembali menjadi wakil kepala Densus 88 Polri.
Polri kemudian mulai menempatkan Eddy Hartono di BNPT dengan mengangkatnya sebagai Direktur Pembinaan Kemampuan pada 2018. Pada tahun yang sama Eddy Hartono kembali dipindahkan ke jabatan baru yaitu Direktur Penegakan Hukum BNPT. Terakhir, dia juga sempat menjabat rangkap sebagai Direktur Penindakan BNPT pada 2021.
Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo kemudian memutasi seniornya tersebut menjadi Widyaiswara Kepolisian Utama Tk I, Sespim Lemdiklat Polri pada 25 Agustus 2021. Eddy Hartono mengemban posisi tersebut cukup panjang hingga menjadi Kepala BNPT sejak September 2024.
(dov/wep)
