Setelah Indonesia merdeka, ia ditunjuk menjadi Ketua Dewan Pertimbangan Agung Sementara (DPAS) pertama. Dalam kapasitas tersebut, Margono mengusulkan pembentukan bank sentral atau bank sirkulasi sebagai bagian dari upaya membangun kedaulatan ekonomi Indonesia.
Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta kemudian memberikan mandat kepada Margono pada 16 September 1945 untuk mempersiapkan pembentukan bank tersebut.
Gagasan itu kemudian diwujudkan melalui pendirian Bank Negara Indonesia. Pemerintah menerbitkan Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang (Perppu) Nomor 2 Tahun 1946 tentang Pembentukan Bank Negara Indonesia pada 5 Juli 1946.
Margono dipercaya menjadi Direktur Utama pertama BNI. Pada 1953, jabatan Margono sebagai Presiden-Direktur BNI berakhir. Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 183 Tahun 1953 tertanggal 31 Oktober 1953, dia kemudian diangkat menjadi Ketua Dewan Pengawas BNI. Keputusan tersebut berlaku mulai 1 November 1953. Peraturan BPK
Margono juga dikenal sebagai ayah dari ekonom Indonesia Prof. Dr. Sumitro Djojohadikusumo. Sumitro merupakan salah satu tokoh ekonomi nasional yang pernah menjabat sebagai Menteri Keuangan dan Menteri Perdagangan dan Perindustrian.
Selain Sumitro, Margono memiliki dua putra yang gugur dalam Pertempuran Lengkong pada 25 Januari 1946, yakni Kapten Anumerta Soebianto Djojohadikusumo dan Taruna Soejono Djojohadikusumo.
Nama kedua putranya kemudian diabadikan dalam nama cucu Margono, yakni Prabowo Subianto dan Hashim Sujono Djojohadikusumo. Margono meninggal dunia di Jakarta pada 25 Juli 1978 dalam usia 84 tahun. Jenazahnya dimakamkan di Purwokerto, Jawa Tengah.
(mef/frg)
